目的分析微小病变性肾病（MCD）与局灶节段性肾小球硬化（FSGS）患者肾组织mRNA表达谱的差异，筛选出二者的鉴别诊断基因。方法分析来自GEO数据库MCD和FSGS的表达谱数据集，并将其分为测试集和验证集，同时分为MCD组（54例）和FSGS组（91例）。使用R软件鉴定差异表达基因，并进行富集分析，通过测试集和验证集对诊断标志物进行筛选和验证，绘制受试者工作特征曲线，并通过曲线下面积（AUC）评估其预测价值。结果相对于MCD组，FSGS组有4个差异基因，包括3个上调基因(COLEC12、SFRP2、MOXD1)和1个下调基因（ENPP6）。在验证集中，FSGS组COLEC12、SFRP2、MOXD1相对表达水平高于MCD组，FSGS组ENPP6相对表达水平低于MCD组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。COLEC12、SFRP2、MOXD1、ENPP6表达水平预测测试集患者发生FSGS的AUC分别为0.794、0.825、0.800、0.768；COLEC12、SFRP2、MOXD1、ENPP6表达水平预测验证集患者发生FSGS的AUC分别为0.668、0.635、0.638、0.733。结论COLEC12、SFRP2、MOXD1、ENPP6可作为鉴别MCD与FSGS的关键诊断标志物。