基于生物信息学分析对儿童克罗恩病核心发病基因预测及诊治意义
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基金项目:国家自然青年科学基金项目( 81903330 );河南省 2021 年科技发展计划项目(212102310037 ); 2022 年度河南省医学科技攻关省部共建重点项目( SBGJ202102212 )。


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    [摘 要] 目的 应用生物信息学方法筛选出儿童克罗恩病( PCD )的差异基因( DEGs ),探讨 PCD 的致病机制,为 PCD 的诊疗提供潜在靶点。方法 从基因表达数据库( GEO )中获得健康对照和 PCD 患儿结肠组织的芯片数据库 GSE126124 ,通过基因分析表达工具( GEO 2 R )筛选出 DEGs 。然后利用 DAVID 数据库对 PCD的 DEGs 进行基因本体( GO )分析及京都基因和基因组百科全书( KEGG )分析。应用 STRING 数据库构建蛋白质相互作用网络(PPI ),并通过Cytoscape3.9.1 软件识别出前 24 个核心基因。最后在 GSE3365 基因芯片数据库中对核心基因进行表达量验证。结果 从 GSE126124 芯片数据库中发现共有 141 个 DEGs ,其中 39 个上调,102 个下调。这些 DEGs 参与免疫调节、肠道适应性改变、肠道黏膜屏障功能变化等多种细胞活动和机体调节。 PPI 共筛选出 24 个潜在核心基因,在验证数据库中均有明显的表达差异,其中兔CXC 趋化因子配体 2(CXCL2 )、白细胞介素( IL ) -1 β 差异最为显著。结论 核心基因如 CXCL2 、 IL-1β 等很可能是 PCD 致病的关键基因,可能会成为 PCD 诊治的潜在靶点。

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引用本文

王睿孜,薛福敏,于志丹,李小芹.基于生物信息学分析对儿童克罗恩病核心发病基因预测及诊治意义[J].现代医药卫生,2023,39(11):1801-1808

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