目的 了解该院手足口病病原体分布情况，为其诊断治疗和预防提供有力的科学依据。 方法 收集2012 年5月至2013年7月1 848 例手足口病患儿的咽拭子、疱疹液、粪便、肛拭子标本，采用聚合酶链反应-荧光探针体外扩增法检测肠道病毒通用型（EV）、肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）。 结果 1 848例标本中病毒核酸阳性率为60.71%（1 122/1 848），其中EV71阳性占1.43%（16/1 122），CoxA16阳性占1.87%（21/1 122），EV阳性占57.93%（650/1 122）。男女感染比例为1.69∶1，男性感染率明显高于女性，差异有统计学意义（P<0.05），且小于3岁的患儿占84.94%（953/1 122），4～6月为高发季节，10～12月出现1个次高峰。 结论 该院手足口病病原体以除EV71、CoxA16外的其他肠道病毒为主，以小于3岁的患儿为主，男性多于女性。