目的明确重庆市某区男男性行为人群(MSM)人类免疫缺陷病毒(HIV)流行株，构建MSM的HIV分子网络，研究网络特征及男性商业性行为人群(MSW)对此网络的影响。方法采集新报告HIV-1阳性MSM(包括MSW)外周血样本和流行病学信息，采用聚合酶链反应（PCR）扩增HIV-1 pol区基因片段进行测序，利用序列进行毒株亚型的判定和耐药分析，分别以0.5%和1.5%基因距离构建分子网络，采用单因素及多因素logistic回归模型分析分子网络入网率的影响因素。结果共获得464条pol区序列，包括CRF07_BC(69.83%)、CRF01_AE(16.16%)、CRF08_BC(3.45%)在内的18种亚型，HIV-1耐药率为5.17%(24/464)，以非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）类耐药为主(3.23%，15/464)。以0.5%的基因距离构建分子网络，入网率为10.56%(49/464)，形成18个簇，包括1个大簇A1，与其他婚姻状态比较，未婚MSM更易入网，差异有统计学意义(P＜0.05)；以1.5%的基因距离构建分子网络，有48.92%(227/464)的调查对象入网，形成23个簇，包括B1、B2 2个大簇，不同年龄、文化程度、职业、亚型及是否MSW的MSM的HIV分子入网率比较，差异均有统计学意义(P＜0.05)；MSW在上述网络中的入网率分别为10.00%(3/30)和23.33%(7/30)，其中1例进入B2簇，其余均未进入大簇。结论该地区新报告HIV-1阳性的MSM基因亚型呈现多样性，以CRF07_BC和CRF01_AE为主，且主要为NNRTIs类耐药，应加强耐药监测。年轻、未婚、文化程度较高、商业服务及非MSW更易进入传播簇。